众所周知，啤酒酿造中采取何种杀菌方法， 对啤酒发酵有重要影响。目前，常用的杀菌方法有以下几种：
一、热力杀菌
微生物都有其适宜的生长温度， 超过了其最高生长温度范围时， 就会引起死亡。因此， 加热成为灭菌和消毒方法中应用最广泛且效果较好的方法之一。所有连接物料的胶管及固定管在使用前均需经过30min的蒸汽杀菌。
优点：蒸汽具有广谱性，获取方便，无毒、无腐蚀性，并有良好的渗透性。
缺点：蒸汽容易形成薄膜，升温慢，消耗能源。啤酒可以通过巴氏杀菌法，在60℃温度下持续20分钟。但是由于加热时间长，故对产品风味、营养成分以及胶体稳定性都有一定影响。
二、紫外线杀菌
紫外线对水的杀菌效果是非常有效的，其活性取决于pH、温度，被广泛应用于无菌水的制备系统中。
优点：无残留味和气体，低毒性。
缺点：渗透性差，杀菌效果取决于水的混浊度，且无残余活性，易导致细菌再次生长。
三、高电压杀菌
日本麒麟啤酒公司开发了一种在啤酒中加上瞬间的高电压，只杀伤啤酒中污染菌的杀菌新方法。
优点：与热杀菌法相比，这种方法能耗少， 啤酒的品质也不会受影响。
四、碱液杀菌
强碱［一般常用火碱( NaOH）］能水解蛋白质和核酸，使微生物的酶系统和细胞结构受到破坏，引起菌体死亡。生产过程中，薄板冷却器及麦汁管道每天都须用热碱水进行循环杀菌；同时，用过的繁殖罐、发酵罐须用温度80—85℃、质量分数为10%左右的NaOH溶液循环冲洗。
优点：碱类除有杀菌作用外， 还可去油污。同时，碱性越强， 其杀菌效果越好。
五、甲醛杀菌
甲醛的杀菌效果在于它具有还原作用，可以抑菌或杀菌，能与蛋白质的氨基结合而使蛋白质变性， 这样就破坏了菌体的细胞质。经NaOH 溶液冲洗干净的繁殖罐和发酵罐， 用清水冲净后， 还应采用质量分数为2%的甲醛溶液密封2h， 再用清水冲净后备用。
六、氧化灭菌
氧化剂能放出游离氧或使其他化合物放出氧。氧化剂作用于微生物蛋白质结构中的氨基、羟基或其他化学基因， 造成其代谢机能障碍而死亡。酵母添加器每次用完后，须经清水冲净并用双氧水( H2O2）或漂白粉溶液浸泡，下次使用前，还要再用清水冲净。
七、隧道式热水喷淋系统
目前，啤酒杀菌出现了隧道式热水喷淋系统。该系统主要由热水供应、喷淋装置及啤酒输送装置组成，一般沿隧道长度方向分为几个不同的温度段。生啤酒装瓶封口后，进入杀菌机预热段，随传送带逐次经杀菌段和冷却段，再由另一端离开杀菌机。
